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研究表明，在玉米中不同基因位點的進化歷史存在差異。例如，對Adh1和Glb1基因而言，繁茂大芻草和玉蜀黍屬其他成員間的基因序列有很大差異；而對Adh2和c1基因而言，繁茂大芻草與其他成員的序列卻幾乎相同。需要注意的是，Adh1和Glb1位于第1染色體相距12cM的區域內，而Adh2和c1分別位于第4和第9染色體上。

以上情況的出現有幾種可能的原因，即基因間存在不同的核苷酸替換速率和漸滲速率，自然選擇和人工選擇及在染色體上位置不同也可造成基因進化速率不同。White等對玉米及小穎大芻草的6個基因的核苷酸序列多樣性進行了研究，發現玉米中的遺傳多樣性比野生近緣種要低，認為這可能是馴化所致。但研究中也發現不同基因的遺傳多樣性降低程度存在差異，如6個基因中有4個基因在玉米中的遺傳多樣性為小穎大芻草的一半，而另外兩個基因（c1和b1）在玉米中的遺傳多樣性僅為小穎大芻草的20%以下。tb1基因控制的是分枝類型，而c1基因控制的是玉米籽粒中紫色色素的產生。這兩個基因多樣性低，很有可能與玉米的早期馴化所進行的人工選擇有關。據估計，由于早期馴化和后來的育種，使得美國玉米自交系中的遺傳多樣性水平，降低到僅為玉米野生近緣種小穎大芻草的40%左右。

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沙溢
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